وافق مجلس النواب خلال الجلسة العامة لمجلس النواب ، على المادة 18 من قانون الجماعات الخاصة والأهلية والتى تنص على تشكيل مجلسين لاادارة تلك الجامعات .

ونصت المادة 18 على يُنشأ بالوزارة المختصة بالتعليم العالى مجلسان أحدهما للجامعات الخاصة يسمى "مجلس الجامعات الخاصة"، والآخر للجامعات الأهلية يسمى "مجلس الجامعات الأهلية" يُشكل كل منهما برئاسة الوزير المختص بالتعليم العالى، وعضوية كل من: 
- رؤساء الجامعات الخاصة (بالنسبة لمجلس الجامعات الخاصة)، ورؤساء الجامعات الأهلية (بالنسبة لمجلس الجامعات الأهلية).
- أمين المجلس الأعلى للجامعات.
- أمين المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية. 
- مستشارى الوزير في الجامعات.
- ثلاثة من رؤساء مجالس أمناء الجامعات يتناوبون العضوية فيما بينهم دورياً كل سنة بحسب أقدمية إنشاء الجامعة.
- خمس من الشخصيات العامة والخبراء في التعليم يختارهم الوزير.
- ثلاثة من رؤساء الجامعات المملوكة للدولة يرشحهم المجلس الأعلى للجامعات، وتكون مدة عضويتهم سنة قابلة للتجديد لمرة واحدة.